Tıbbın sunduğu hizmetlerden biri de bebeğin cinsiyetinin henüz gebelik oluşmadan belirlenmesidir. Bu yöntem berberinde pek çok tartışmanın ve fikir ayrılıklarının ortaya çıkmasına neden olmuştur. Bazı ülkeler katiyetle bu konuya karşı çıkmasına karşın bazı ülkelerde ise serbest olarak uygulanmaktadır. Özellikle başı nüfusu ile dertte olan ülkelerden Çin ve Hindistan ‘da yaygın olarak kullanılmasının bir sebebi nüfus planlaması nedeni ile ailelere sınırlı sayıda çocuk yapma izninin verilmesidir. İstediği sayıda çocuk yapamayan aileler doğacak bebeklerinde cinsiyet seçimi yapma yoluna gidiyorlar. Türkiye ‘de ise cinsiyet seçimi yapmak yasal değildir . Erkek çocuk sahibi olmak ve cinsiyet seçimi yapmak Türkiye de oldukça istenen bir durum olmasına rağmen tüp bebek tedavisiyle bebeğin cinsiyeti belirlenmesi toplum olarak da olumlu karşılanmamaktadır.
Türkiye’ ye komşu ülkelerden , Kıbrıs ve Yunanistan ‘da ise durum böyle değildir. Bu ülkelerde cinsiyet seçimi yapmak sosyal olarak da yasal olarak da kabul görmekte. Kıbrıs tüp bebek tedavilerinde oldukça teknolojik yöntemler kullanılmaktadır. Cinsiyet seçiminin yanı ıra gebelik sürecinde sorun yaşayan ailelere yumurta nakli, embriyo donasyonu gibi ileri teknoloji gerektiren tüp bebek yöntemleri de uygulanabilmektedir. Bu yöntemler de Türkiye’nin de dahil olduğu bir çok ülkede kabul görmemesi nedeni ile çok sayıda çeşitli ülke vatandaşları tedavi için Kıbrıs’ı tercih ediyorlar. Bu yöntemlerin etik olup olmadığı konusunda çok sayıda farklı görüş mevcuttur. Fakat tartışmaların en çok hedef olduğu konu cinsiyet seçimidir.
Yumurta nakli, embriyo donasyonu gibi yöntemler çiftlerin her yolu denemelerine rağmen çaresiz kalınması durumunda başvurdukları yöntemdir. Bu sebeple bir çok insanın ılımlı baktığı konulardır. Cinsiyet seçimini ise bir çok insan keyfi bir durum olarak görüyor. Dünyada ki kadın erkek sayılarının dengesini bozabileceğini gibi istenmeyen cinsiyette ki embriyoların atılmasının da bebek haklarının çiğnenmesi olarak görülüyor. Fakat aile planlaması yapan aileler yada cinsiyet nedeni ile bebeğe bulaşacak genetik hastalığı olan aileler bu konunun etik olduğunu ve seçim yapmaya hakları olduğu görüşündeler. Kıbrıs tüp bebek merkezlerinde cinsiyet seçimi tamamen ailenin tercihine bırakılan bir tedavi şeklidir ve daha çok genetik hastalıkların araştırılması ve önlenmesinde kullanılan PGD yöntemi uygulanarak yapılan bir işlemdir.